La muffa è il nome con si indica comunemente lo strato più o meno consistente e di diverso colore che varie specie di funghi saprofiti, o più raramente parassiti, formano sulla superficie dei materiali organici sui quali si sviluppano.
In condizioni favorevoli, giusto grado di umidità e acidità e temperatura ideale, la muffa si propaga con notevole rapidità. In base al colore, si hanno muffe verdi (generi Penicillum e Aspergillus), muffe nere (come la muffa del pane, Rhizopus nigricans, che si sviluppa spesso anche su frutti come pesche ed uva), muffe bianche (Mucor e alcuni Rhizopus), muffe grigie (come Botrytis cinerea, parassita della vite, ma anche di meli, peschi, susini, dei quali danneggia i frutti).
In soluzioni sature di zucchero, come nelle marmellate e nelle gelatine, questi microrganismi si sviluppano in superficie per la presenza di un sottile velo di umidità per cui occorre seguire particolari norme che garantiscano una corretta conservazione di questi alimenti e impediscano la formazione delle muffe. Alcune specie di muffe presenti sulla pelle dei salami (specialmente quelle dei generi Penicillum e Aspergillus) svolgono un ruolo fondamentale nella maturazione e nell’affinamento degli insaccati, intervenendo nel grado di umidità e disacidificazione, e influenzano notevolmente la formazione del gusto del prodotto.